自從國民黨黨主席朱立倫，宣布參選總統之後，開始了忙碌的競選行程，造勢場合少見馬英九總統身影，但是在彰化第一選區，卻出現他的大大看板，掛在國民黨立委候選人王惠美看板中間，這是對手民進黨參選人陳文彬傑作，讓王惠美氣得報警，要他們把「黑函」撤下，成為對手打負面選戰的武器，總統馬英九依舊按照自己的行程，出任務，最近是砲聲隆隆。
生技園區延宕
國家生技研究園，是在馬英九總統上任，推動的六大新興重點產業，由跨部會組成生技新藥疫苗研發園區，但是因為工程延宕，讓馬總統很生氣「最近才知道後年能完工，原本計畫是明年4月底前的，差這麼遠」，不過民進黨立委段宜康，卻對這表示不解，因為生技園區驗收完成後，開始使用預定進度，本來就是2017年。明年4月完成的進度，其實是土木工程，希望總統不要小題大作。
無障礙環境改善
馬英九總統今天出席身心障礙者權利公約國際研討會，他表示，曾收到身障小學生的信，學生說在台北行動沒問題，但坐火車出台北就是問題，點出了火車站無障礙環境，仍待改善，馬英九也特別指示，公共環境對身障人士來說，有許多死角和盲點，希望未來在完工前能讓他們走一遍，找出改善的地方。
民進黨綠能政策讓企業憂心
12月初參加朱立倫以及王如玄競選總部成立大會，總統馬英九在致詞時，就批評民進黨提出的能源政策令企業人憂心，4年前他提出，在維持合理電價、減碳3個前提下，確保核安，穩健減核，發展低碳綠能環境，不過對手卻說要把核電全部廢掉，他說要達成民進黨提出2025年發電500億度，是不可能的，且一旦停電對企業是傷害，因此呼籲民眾，選一個讓台灣不缺電的總統。