通訊類應用程序的安全性一直備受用戶關注，而蘋果公司今年2月拒絕為美國聯邦調查局（FBI） 解鎖加州槍擊案槍手 iPhone的事件，也顯示出科技公司在保護用戶資訊和服從國家指令之間的兩難境地。
Facebook旗下通訊應用程序WhatsApp則試圖避免這個問題。WhatsApp近日發布的最新版本全面使用「端對端」加密技術（end-to-end encryption），用戶發送的每條訊息、撥打的每個電話都會被加密。這種技術不僅能確保用戶資訊不會被第三方讀取，連 WhatsApp 自身也無法獲取用戶資訊，更不用說要在某些情況下交出用戶資訊了。
今年3月，巴西警方為逼WhatsApp交出毒販的通訊資料，以拘捕 Facebook 拉丁美洲地區副總裁卓丹（Diego Dzodan）威脅。Facebook就曾出面解釋，WhatsApp 作為通訊工具，根本沒有儲存使用者訊息，也沒有攔截訊息的能力。
「當你發送訊息時，唯一能讀取這條訊息的人是作為這條訊息收件人的人或者群。沒有人能看到這條訊息。網路犯罪份子不能......專制政權不能。甚至我們也不能。」WhatsApp 聯合創始人簡．庫姆（Jan Koum）表示。
早在2013年，WhatsApp就開始實行加密技術。同一年，美國中情局前僱員斯諾登（Edward Snowden）曝光多個美國政府的監控項目，引發全球範圍內關於政府監控和公民隱私的大討論。
次年，WhatsApp 與提供加密技術的組織 Open Whisper Systems 合作，將該組織的加密協議Signal Protocol整合進自身產品中。Open Whisper Systems在4月5日宣布，整合已全部完成。
WhatsApp聯合創始人布萊恩．阿克頓（Brian Acton）表示，安全的產品有助於營造一個安全的世界，儘管執法者們未必同意這一點。他認為，加密技術能讓人們用通訊應用程序放心地談論生意、向醫生報告病情，甚至告密者也不用擔心被暴露。
美國司法部和FBI拒絕評論 WhatsApp 的做法，但科技媒體WIRED指出，政府內外必定有許多人會表示反對。WhatsApp此前的加密手段也曾引發爭議，該公司在2014年在為部分網路加密後，其服務被用於一些犯罪活動；去年發生的巴黎恐怖襲擊中，就有恐怖分子使用了WhatsApp。
被普遍認為安全性較高的通訊應用程序Telegram也使用了加密技術，但沒有像最新版的WhatsApp那樣把「端對端」加密設置為默認，且不會為群聊進行「端對端」加密。Open Whisper Systems也擁有一款名為「Signal」的通訊應用程序，斯諾登就是該程序的忠實用戶。隨著WhatsApp加密技術的提升，科技網站TechCrunch評論認為，該思考斯諾登是否會改用WhatsApp了。
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