台南市議長李全教官司纏身，他本人共涉及議長賄選、議長當選無效以及議員賄選三案。先前台南地檢署就「議長賄選案」因「查無具體證據」以不起訴簽結，但議員賄選一案，雖然李全教極力與遭判刑的黃澄清總幹事切割，不過台南地方法院仍認為他不可能置身事外，因此判決當選無效。
在選後第五天宣判，以及正好蔡英文與賴清德在台南舉辦謝票茶會，確實與立法院秘書長被檢調偵察一樣，有著莫名的巧合。KNOWING小編詳細整理李全教三大案，去年以來的過程始末：
去年7月31日，根據《蘋果新聞》報導，李全教的競選總幹事為使市議員候選人李全教順利當選，以每戶五千元的價格買票，遭法院判決最重五年徒刑。此案牽動李全教「當選無效」與「議長賄選案」之訴，當事人對判決不服申請上訴，賴清德聲明在未釐清前不會進議會接受質詢。
去年8月10日，根據《自由時報》報導，當初偵辦李全教涉賄選案的三名檢察官皆被調走，其中有兩名更是在今年2月李全教要搭機出國前將他攔截收押禁見。民進黨發言人表示，表面上是一般調動，由法務部長羅瑩雪親自圈選調動，但時機巧合過於敏感，令人質疑其中有隱情。
但有民間聲音反駁這種政治臆測是錯誤的，案件已經送進法院，而起訴時的檢察官和到庭檢察官不會是同一人，因此有沒有調換其實都沒影響。每年的調換時間也固定在這個月份，並非特意選在這個月調職。
去年8月12日，根據《自由時報》報導，李全教三度以主任檢察官和承審法官是夫妻為由，聲請法官迴避，雖然遭到駁回仍鍥而不捨地申請。台南地院行政庭長指出，雖然不知道理由為何，但受到申請就得開合議庭討論，審理只能暫停。江信賢律師認為，法院不能僅用人權問題看待，而應該要討論是否有研製訴訟意圖，否則當選無效的審理將會不斷拖延。
去年9月，李全教對三位檢察官提起民事訴訟，卻沒有繳三千元的裁判費，還申請訴訟救助與抗告。隨後李全教請假不到庭，並解雇自己的律師，無人到庭。
去年10月，李全教律師以證據多為影印的，質疑違反程序，要求調閱正本，合議庭裁決一個月內時間補足相關證據，再度延期。
此外，議長在市政議會開會時有所謂的「保護傘」，可以阻絕司法制度的審理，另外，李全教用請假、解雇律師、拒繳裁判費、申請法官迴避及抗告的方式導致判決延宕數月，違反法院速審速結的原則。令人質疑為什麼李全教用盡各種手段想要拖延審理程序？