恐龍因何滅絕一直是懸而未決的問題，儘管小行星/慧星撞地球這個理論幾乎快成為正解，這理論仍有難以說全之處：全球生物受到同樣衝擊，為何與恐龍相類的生物，或是由恐龍演化的鳥類祖先沒有滅絕？這個疑問不斷困擾著古生物學家。
是恐龍孵蛋太慢嗎？
根據《中央社》，近期刊登於「國家科學院學報」（Proceedings of the National Academy of Sciences）的研究指出，非鳥類恐龍的孵化時間需時3至6個月。這麼長的孵化時間會增加恐龍蛋被其他掠食者吃掉的風險，而鳥類的祖先則因快速演化出孵蛋速度較快的後代，免於上述風險。孵蛋太慢說或許可以解釋為何6500萬年前只有非鳥類恐龍被滅絕。
科學家研究兩個保存良好的非鳥類恐龍胚胎化石，觀察牠們的牙齒生長紋。動物牙齒增長時會出現像是樹木年輪的紋路，科學家可以計算紋路圈數來計算恐龍胚胎成長費時多久。研究顯示兩個胚胎的死亡年紀分別為3個月與6個月。
造成滅絕的是隕石撞擊嗎？
現在學界的主流理論是恐龍滅絕於隕石的撞擊。科學家推測有一顆直徑10公里大小的隕石撞擊地球，目前懷疑撞擊地點在中美洲的猶加敦半島。支持理由是猶加敦半島發現的隕石坑含有較高濃度的銥元素。銥元素是地球表面少有，但富含於慧星/小行星的元素，在恐龍滅絕時的白堊紀與第四紀的地層交界處有一層黑色薄層，這薄層中含有異常高濃量的銥元素，據信這現象反映著白惡紀末遭到巨大隕石撞擊。如果這個推論是對的，那麼擁有較高銥元素濃度的猶加敦隕石坑很有可能就是當初的「災星」撞擊位置。另外，猶加敦隕石坑內還發現高溫石英。高溫石英只有在撞擊力非常強的情況下才會產生。
然而，另一個理論是火山爆發說，認為頻密或極大的火山爆發事件也能跟隕石撞擊一樣引發海嘯、森林大火等災難，而揚起的塵土也足以遮蔽陽光導致全球氣候異變，造成大滅絕。雖說地球表面沒有高濃度的銥元素，但有可能富含於地球內部，在白堊紀末透過火山噴發散佈到全世界。
隕石撞擊引發火山噴發？
有一派理論融合上述兩者。根據《關鍵評論網》的專文，去年刊登於《The Geological Society of America Bulletin》的研究認為，6500萬年前一顆小行星落於墨西哥的猶加敦半島，引發大滅絕事件，而後十萬年印度德干高原的火山開始大量噴發，又造成二度物種大滅絕。在柏克萊大學教授地球與行星科學的學者馬克‧理查（Mark Richards）認為地球上最大規模的撞擊事件和火山大量爆發僅隔十萬年(十萬年在漫長的地質時間尺度中並不算長)並非巧合，之間應該有所關聯。
理查以強烈地震能引起火山爆發的理論為旁證。理查估計小行星撞擊的強度可以引發規模九以上的地震，這規模足以促成德干高原與其他地區的火山爆發。同時，研究團隊也發現火山在小行星撞擊地球前後，火山所噴發的岩漿其化學成分有異，再次驗證了理查的說法。
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