台北市長柯文哲上任後，不僅市府風波不斷，內部也出現不少的人事異動，除了公務人員紛紛轉調外，也有高層提出請辭。
前信義分局長李德威
在柯文哲就任台北市長的當天，從北市府要步行至市議會參加就職典禮時，就給下屬施了個下馬威，當街警告當時的信義分局長李德威，若再傳出有法輪功成員暴力事件，就要將他撤換掉。
不到一個月，李德威就向市警局提出退休申請，連在消防局擔任主秘的妻子也一同申退，李德威表示，是個人意願關係，但時間距離相近，也不免讓人聯想到可能是因為柯文哲當時的責訓引起他的不滿。
前體育局長楊忠和
2017年的世大運在即，當時除了主場大巨蛋施工進度拖延外，選手村也爭議不斷，籌辦世大運出現太多變數，也使當時的體育局長才上任不久，就像柯文著請辭，在職時間僅六周，成為科市府團隊第一位請辭的政務官。
當時大巨蛋草皮爭議傳出，又爆出楊忠和妹婿是國內人工草皮商，被質疑是圖利自家人，對此楊忠和怒駁，是因為柯文哲愛干政、難相處，無法接受才離開。
前悠遊卡董事長戴季全
去年爆發的「波卡」風波，讓柯文哲著實面對了相當大的挑戰，而柯文哲的原則就是有錯就改，柯文哲坦承他會反省對此事的應對，悠遊卡公司也有需要檢討及調整的空間，他也建議將悠遊卡董事長戴季全降職，希望透過組織調整能讓後續作業繼續推動。
柯也強調，最後結果還是要尊重董事會，但若市長覺得不適任，董事會通過的機率應該也不大。最後戴季全退下來由林向愷接任，繼續服務市民。
台北市副市長周麗芳
日前在北市議員填寫的首長滿意度調查，拿到倒數第三名的副市長周麗芳也在今天向柯文哲提出辭呈，並於二月始生效。
她表示自己是因為已完成階段性任務，所以期許有更多人來接力這個職位，也強調柯文哲是非常好的長官，但有相關人士透露，表示周麗芳處理的事情時常要柯文哲出面收場，有負面傳聞也不見柯文哲幫忙解釋，顯示兩人關係並不親近。也讓大眾懷疑，也許周麗芳的請辭與前陣子的調查滿意度倒數有關。
柯市長的新執政方式，想必很多同仁們仍無法適應，但他也表示自己也一直再檢討，希望大家能夠一起進步。然而不可否認的是，這樣的鐵腕執政方式，著實讓不少北市府的人員們各個都繃緊神經，就是深怕自己將出現在下一批的名單中。