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很多香腸腸衣已不是傳統的腸衣，而是用膠原蛋白去製成腸膜狀替代物，膠原蛋白大多提煉自動物的皮，是可食的。腸衣分為天然腸衣與人工合成腸衣，人工腸衣大多是可食的，但也有一些確實不可食，比如塑料腸衣。
天然腸衣也有其缺點
大家都想吃天然的，但天然的未必就好。
天然腸衣取自豬、牛、羊的腸臟，畢竟是糞便的生成地，對衛生的挑戰比較大，諸如異味物質、寄生蟲、潰瘍物等等，都是天然腸衣在處理上的重點。腸衣的缺陷、規格難以掌控等缺點也會增加其成本。另外，為了利於保存，天然腸衣也會施加大量的鹽。
膠原蛋白腸衣
膠原蛋白腸衣可提煉自牛皮，也能提煉自植物性原料，如海藻酸、花生蛋白等等，這是可食性的，市面上的熱狗多用此種腸衣製作。
膠原蛋白腸衣不僅規格可以控制，也不會有腸衣容易破洞等缺陷，是其一大優點。另外，腸原蛋白腸衣也不用太多事前處理，比如浸泡、沖水，也容易保存，這些是天然腸衣所不及的。
纖維素腸衣
纖維素腸衣也滿常見，比如西式燻腸、法蘭克福熱狗等等，其材質看似塑料，好像不能吃；事實上，纖維素腸衣雖非大家所想的塑料物，但確實不可食。
纖維素腸衣較為堅韌，易於保存，在食用前須剝除。
纖維素腸衣能廣泛適應各種尺寸，也適於工業生產之蒸煮、煙燻製程，所以其成本較低。其他的不可食腸衣還有塑料腸衣與彈性網等，依各種不同的製程而配合應用。
不是吃起來像塑料就是塑料腸衣
直觀來看，難以咀嚼且有怪味的腸衣確實讓人聯想到塑料，但天然腸衣可能也有這些現象，這關乎腸衣的厚度及其製程，所以這種直觀的分辨法是不準的。
題外話，灌腸其實灌的是腸膜。灌腸一詞很直覺地讓人以為香腸、米腸的製作是直接把內容物灌進腸臟(大腸或小腸)裡，事實上，灌的是附著在腸臟上的「膠原蛋白黏膜下層」，即俗稱的腸衣。而腸臟的用途是拿去做黑白切、滷大腸或大腸麵線等。