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對河馬有點認識的人都知道，河馬是個十分殘暴凶狠的動物，是全世界殺死最多人的哺乳類動物。河馬不僅在非洲河岸上令當地居民煩惱不已，在生物分類學上，河馬的分類歸屬也是個大難題，但藉由DNA技術，科學家猜測，河馬應該與鯨豚類動物的親緣最近，也就是說，殘暴的河馬與溫馴的海豚有很接近的親緣關係！
河馬的身世也很難索解，一開始牠被認為與豬的親緣最接近，但後來發現那些被用來證明兩者深層親緣關係的證據，比如圓形的吻部等，其實是普遍的偶蹄類動物特徵，因而難以證明。科學家又提出第二個假說，認為河馬源自一個已滅絕的遠古動物 ─ 石炭獸(anthracothere)。
當科學家摸索河馬的身世時，鯨豚類的身世研究也漸漸出現眉目。
鯨豚類動物並非魚類，而是從陸地動物朝水中生物演化成功的物種；本來，分類學家對鯨豚類動物的祖先也是不甚了了，但藉由解剖，發現鯨魚與海豚擁有與偶蹄類 ─ 包含牛、鹿、馬、豬、駱駝等四蹄動物 ─ 相似的胃室系統，呼吸器、肝臟也頗為類似，因此認定鯨豚類應該是從偶蹄類動物演化而來。2001年出土了一具遠古鯨魚化石，終於證明鯨豚類動物是由偶蹄目演化而來，而DNA的證據也顯示，鯨豚類動物與河馬似乎有共同的祖先，親緣十分接近。
在化石方面的證據，河馬的生存年代距今只有1500萬年之久，但鯨魚的遠祖可追溯至5300萬年之前，兩者的生存年代有不小的差距；不過，若科學家可以確定河馬源自石炭獸，那麼，石炭獸出土的化石中最早可追溯至4100萬年之前，如此一來，鯨與河馬遠祖兩者的年代差距可縮小至1200萬年。目前兩者還須依靠未來出土的相關化石補足兩者更清楚的親緣關係。
目前的偶蹄目動物分類，鯨下目(包含鯨、豚)被歸類至河馬形亞目之中。